Institut za lečenje i rehabilitaciju „Niška Banja“ čine Klinika za kardiologiju, Klinika za reumatologiju, Klinika za rehabilitaciju, Služba za ortopediju i Zajedničke službe.
Raspoložive kapacitete u stacionarnom, ambulantno-polikliničkom delu Instituta i kabinetima opslužuje ukupno 376 radnika (207 medicinskih i 169 nemedicinskih).
U strukturi zaposlenih sa visokom školskom spremom je 82 radnika: 63 medicinskih i 19 nemedicinskih radnika. Od ukupnog broja medicinskih radnika 14 je doktora medicinskih nauka, 10 od njih su predavači u nastavi (profesori, docenti i asistenti), lekara specijalista je 51 (specijalisti interne medicine, ortopedije, fizikalne medicine, anesteziologije, neurologije i radiologije) od kojih je magistara 16 i primarijusa 8, lekara ina specijalizaciji 6, doktora medicine 4 i dva zdravstvena saradnika – defektolog i magistar farmacije.
U strukturi nemedicinskih radnika zaposlena su 9 dipl. ekonomista, 4 dipl. pravnika, 3 elekto inženjera i 1 inženjer mašinstva.

• Odsek za specijalističko konsultativne preglede;
• Odsek za poluintezivno lečenje i negu;
• Odeljenje za standardno lečenje
• Dnevna bolnica
• Odsek za dijagnostiku:

• • Kabinet za denzitometriju;
  • Kabinet za ultrazvučnu dijagnostiku;
  • Kabinet za kapilaroskopiju;
  • Kabinet za dijagnostičku i terapijsku punkciju zglobova i kontrolu bolesti modifikujuće terapije;
  • Kabinet za MRA perifernih zglobova i RO dijagnostiku;
  • Kabinet za EMNG

Klinika za kardiovaskularne bolesti – šef kardiologije Mr sci. med. Bojan Ilić;

• Odsek za zbrinjavanje urgentnih stanja;
• Odsek za specijalističko konsultativne preglede;
• Odsek za intezivno lečenje i negu – koronarna jedinica;
• Odsek za poluintezivno lečenje i negu;
• Odsek za standardno lečenje;
• Dnevna bolnica;
• Odsek za kardiovaskularnu dijagnostiku;
• Kabinet za arterijsku dijagnostiku
• Kabinet za lipide

Služba za ortopediju – načelnik dr Nenad Stojanović:

• Odsek za specijalističko konsultativne preglede i standardno lečenje;
• Odsek za operativno lečenje;
• Odsek za intezivno lečenje sa kabinetom za anestezijun sa reanimatologijom, snabdevanje krvlju i krvnim produktima i terapiju bola;

Klinika za rehabilitaciju:

• Odsek za specijalističko konsultativne preglede;
• Odeljenje „A“ za specijalizovanu rehabilitaciju kardiovaskularnih bolesnika – načelnik odeljenja Prof. dr Dragan Đorđević;
• Odeljenje „B“ za specijalizovanu rehabilitaciju kardiovaskularnih bolesnika – načelnik Prim. dr Ivana Nikolić-Pavlović;
• Odeljenje „C“ za specijalizovanu rehabilitaciju kardiovaskularnih bolesnika – načelnik Prof. dr Ivan Tasić;
• Odeljenje „D“ za specijalizovanu rehabilitaciju kardiovaskularnih bolesnika – načelnik doc. dr Dejan Petrović;
• Odeljenje „E“ za rehabilitaciju neuroloških, traumatoloških, reumatoloških pacijaenata i postoperativnih stanja – načelnik  dr sci med Rozita Filipov;
• Služba za terapijski i rehabilitacioni tretman sa elektroneuromiografskom dijagnostikom, šef službe dr Slaviša Mitić
• Služba za laboratorijsku, radiološku i druge dijagnostike
  • Odsek za laboratorijsku dijagnostiku
  • Kabinet za radiološku dijagnostiku
  • Odsek za farmaceutsku i zdravstvenu delatnost( Bolnička apoteka)
  • Sanitarni odsek

• Služba za naučnoistraživačku i obrazovnu delatnost, pomoćnik direktora Instituta na više nivoa zdravstvene zaštite, doc.dr Sonja Stojanović

Zajedničke službe sastoje se od sledećih odeljenja:

• Odeljenje za pravne kadrovske i opšte poslove; šef: Sanela Zdravković, dipl. pravnik;

Odsek za komercijalne poslove ,Odsek za javne nabavke

• Odeljenje za ekonomsko-finansijske poslove; šef: Jadranka Miljković, pravnik
• Odeljenje marketinga, prijema i smeštaja gostiju i recepcije; šef: Milan Stojanović

Odsek marketinga, Odsek prijema i smeštaja gostiju, Odsek recepcije, Odsek za higijensko održavanje objekata i opreme:

• Odeljenje ishrane i ugostiteljstva: šef kuhinje, Jasmina Ilić; Referent u ugostiteljstvu, šef restorana,Marko Ranđelović;

• Odeljenje za investiciono – tehničko održavanje objekata i opreme – načelnik Goran Savić, dipl. inž. el. šef, Boban Ristić, dipl. inž
  • • Odsek za održavanje toplotnih izvora, grejnih instalacija i opreme Kotlarnica i Energana;
    • Odsek za organizaciju, planiranje, evaluaciju i medicinsku informatiku. Branislav Karadžić,dipl. inž. el.sistem administrator; Miloš Stojanović, administrator informacionog sistema

Oprema

U okviru Instituta se nalazi i najsavremenija biohemijska laboratorija u kojoj se obavljaju sve hematološke i biohemijske analize. Najsavremenija nova oprema omogućava tretman bolesnika po svim najvišim svetskim kriterijumima.

Posedujemo najsavremeniju opremu za lečenje i dijagnostiku kardiovaskularnih bolesti- reumatoloških bolesti : pet aparata za ehokardiografiju, monitoring sistem za praćenje bolesnika u koronarnoj jedinici, dva denzitometra, MRI, dva digitalna rendgena i opremu za ortopedsku hirušku salu i niz aparata za fizikalnu terapiju.

Sve medicinske i finansijsko-računovodstvene aktivnosti Instituta se od 2006. god. obavljaju kroz medicinski informacioni sistem – MIS, koji je danas jedan od najsavremenijih i najkompletnijih informacionih sistema. MIS ima više od 150 računarskih radnih stanica, 2 servera i lokalnu računarsku mrežu koja povezuje svih 6 objekata. Operativan je 24 časa dnevno 365 dana u godini i sadrži veliku bazu podataka, elektronske kartone pacijenata i podatke svih njihovih poseta i medicinskih izveštaja, RTG i MRI zapise (preko 263.780 bolesnika sa svojim digitalnim istorijama bolesti i preko 983.000 medicinskih izveštaja). 2010. god. instaliran je novi PACS (Picture Archiving and Communications System) koji  omogućava ekonomično skladištenje i pogodan pristup slikama iz više modaliteta (Ro MRI snimaka). Elektronske slike i izveštaji se digitalno prenose preko PACS-a i dostupni su iz istorije bolesti u okviru MIS-a na svim radnim stanicama Instituta. Nakon uvođenja integrisanog zdravstvenog informaconog sistema IZIS-a, naš medicinski informacioni sistem je u potpunosti integrisan u IZIS. Sva medicinska dokumentacija, nalazi i izveštaji se generišu i čuvaju u digitalnom obliku.

Evidencija opreme, održavanje i rukovanje opremom usklađeno je sa ISO 9001:2015 standardom, uvedenim 2018. godine.